Nilai perencanaan itu kemudian dijadikan Harga Perkiraan Engineer (HPE) dan Harga Perkiraan Sendiri (HPS), serta menjadi dasar kesepakatan kontrak antara PT PLN dan KSO PT Austindo–Truba Engineering untuk pengadaan peralatan sistem AVR senilai Rp20.523.900.000.
Namun, berdasarkan hasil penyidikan, harga riil peralatan AVR dari PT Emerson kepada KSO PT Austindo–Truba Engineering hanya sebesar Rp15.793.080.000.
Perbedaan nilai menimbulkan indikasi kerugian keuangan negara sekaligus keuntungan tidak wajar bagi KSO PT Austind Truba Engineering sebesar Rp2.696.920.000.
Saat ini, Nehemia Indrajaya menjalani penahanan di Rutan Pakjo Palembang, Sumatera Selatan. Ia ditahan karena sedang menjalani hukuman dalam perkara lain. Dalam kasus PLTA Musi, perannya bersama tersangka sebelumnya diduga melakukan manipulasi harga pengadaan melalui praktik mark up.
